"En el año quince del imperio de Tiberio César, siendo Poncio Pilato procurador de Judea; Herodes tetrarca de Galilea; Filipo, su hermano, tetrarca de Iturea y de Traconítida, y Lisanias tetrarca de Abilene; en el pontificado de Anás y Caifás, fue dirigida la palabra de Dios a Juan, hijo de Zacarías, en el desierto. Y se fue por toda la región del Jordán proclamando un bautismo de conversión para perdón de los pecados, como está escrito en el libro de los oráculos del profeta Isaías (Is 40, 3-4): Una voz clama: "En el desierto abrid camino a Yahvé, trazad en la estepa una calzada recta a nuestro Dios. Que todo valle sea elevado, y todo monte y cerro rebajado; vuélvase lo escabroso llano, y las breñas planicie". (Lc 3, 1-4)
San Juan en el desierto, tercero de los santuarios de Ain Karem después del de la Visitación y del santuario del nacimiento de Juan Bautista, hace memoria del lugar en donde el Precursor encontró refugio huyendo de la matanza de los Inocentes. Comprende el Santuario, la Gruta, la fuente y la Tumba de Isabel.
La figura del Bautista está estrechamente asociada al desierto, lugar de vida ascética y, a la luz de la historia de Israel, lugar privilegiado donde se encuentra la gracia de Dios. Del desierto, según la profecía de Isaías, vendría el precursor del Mesías.
‘Ain el-Habís, a unos 3 kms. de Ain Karem, recuerda el lugar en donde san Juan Bautista vivió su infancia y los años de preparación para el ministerio público. Los testimonios escritos que conocemos –relativamente tardíos- apoyan la historicidad del lugar basándose en el nombre y las ruinas. ‘Ain el-Habís significa fuente del eremita, una definición que bien claramente hace alusión a la figura del precursor, prototipo de los ermitaños. En este lugar los cruzados erigieron, sobre las ruinas que entonces existían, una iglesia y un convento.
La entrada es también muy difícil y estrecha y junto a ella hay una fuentecilla de agua buenísima que se puede coger tanto en la parte alta como en la baja. Arriba hay una pequeña iglesia y un pequeño monasterio en los que no se ven sino algunas partes de los muros, casi todos ellos ya deshechos” (ELS 82). En 1626, el padre Quaresmi habla de una iglesia dedicada a san Juan (ELS 86), lo que lleva a pensar en una restauración o reconstrucción por parte de los franciscanos.
El Desierto de san Juan fue adquirido por la Custodia de Tierra Santa el 10 de noviembre de 1911 al Patriarcado Latino, que a su vez lo había comprado entre los años 1850-55. El Patriarca Mons. Valerga hizo construir un altar en la gruta. La iglesia y el convento del arquitecto A. Barluzzi fueron inaugurados en el 1922.