La iglesia Santa María del Monte Sión estuvo en pie hasta mayo del 966 en que fue atacada y quemada por musulmanes. Luego la volvieron a dañar todavía más en el 1009 bajo al-Hakim. Posteriormente sufrió el terremoto devastador que acaeció en 1033 o 1034. Entonces los oficiales al cargo destruyeron más la iglesia del Monte Sion para llevarse las piedras grandes y así poder reconstruir el Muro que había quedado dañado. Cuando llegaron los cruzados en junio de 1099 describieron la iglesia del Monte Sión como una iglesia en ruinas. En la descripción de la iglesia arruinada que hace en 1102-3 el peregrino inglés Saewulf, dice que ahí había ciertamente una capilla, que es el lugar donde murió la Virgen María, y donde Jesús se apareció a los discípulos después de la Resurrección. En el 1106-8 el ortodoxo ruso Abad Daniel, afirma que en este lugar expiró la Santa Madre de Dios. Fuentes del temprano siglo XII apuntan que la iglesia fue reconstruida en el siglo XI y que la dormición de Santa María se conmemoraba en la parte noroeste de la iglesia. Quedó escrito en 1160: “En el sur está el Monte Sión, donde una bonita iglesia fue construida en honor de Santa María, pues desde allí partió hacia el cielo…”. Es interesante la descripción que hace John de Wurzburg en el 1165: “En la misma iglesia, hacia la derecha de la entrada norte, está el lugar donde la Bienaventurada Virgen María se dice que entregó el espíritu y partió de esta vida: y allí, en una pared adyacente su Hijo Jesucristo está dibujado recibiendo el alma de la Madre en presencia de los apóstoles. Alrededor de una pequeña edificación que está construida encima del mismo lugar se lee la inscripción: “Exaltata est sancta Dei Genitrix super choros angelorum”, “Exaltada es la Santa Madre de Dios por encima de los coros de los ángeles”. Teodorico en el 1172 describiendo el Monte Sión decía: “Allí está la iglesia donde hay un mosaico en el que se representa a Nuestro Señor Jesucristo recibiendo el alma de su amada Madre, y llevándola al cielo”. Antes de que cayera la ciudad de Jerusalén a manos de Saladino, el griego John Phocas en 1177 la describe así: “Hay una iglesia, la madre de las iglesias, donde la bienaventurada Virgen María se durmió. En este lugar hay una pequeña celda rodeada de una barandilla de hierro, y dos crucerías en el lugar donde la Virgen María entregó su alma a su Hijo”.Consta que en el siglo XII había procesiones en el día de la Solemnidad de la Asunción de la Virgen que iban hasta el monte Sión, donde murió la Virgen, y desde allí se dirigían hasta su tumba en el valle de Josafat. Después la iglesia fue ocupada los musulmanes de Saladino, pero no la destruyeron. Su destrucción pudo acaecer cuando al–Muazzam Isa demolió los muros de la ciudad. Los ortodoxos Sirios pudieron abandonar definitivamente la destruida iglesia alrededor de 1244. Poco después, un escrito encontrado del que es autor un peregrino anónimo, hablaba de esta iglesia como el lugar en el que la Virgen había vivido 14 años, después de la Ascensión del Señor, hasta que falleció. Durante esos años la Virgen habría asistido a la Santa Misa celebrada por el apóstol San Juan, en el mismo lugar donde se instituyó el Sacramento de la Eucaristía, el sitio donde el Señor celebró la primera Misa.
